
Estudió leyes y fue, muy joven, profesor de Filosofía en la Universidad de Granada, donde tuvo como alumno a otra inteligencia precoz, Francisco Martínez de la Rosa, con quien hizo amistad. En Cádiz amistó también con Antonio Alcalá Galiano. Se incorporó al ejército y combatió en Bailén, pero hecho prisionero en 1809 y vivió internado en Francia hasta 1814. Allí se casó con una francesa muy culta, Françoise Delauneux, que le ayudó en sus numerosos trabajos literarios; al concluir la guerra regresó a Cádiz y tuvo lugar la famosa polémica con Juan Nicolás Böhl de Faber, padre de la novelista Fernán Caballero, sobre el Romanticismo, que Mora rechazaba, sobre todo por el Neoclasicismo de que estaba imbuido y porque la versión que de esta estética ofrecía Böhl era antiliberal y le recordaba demasiado al oscurantismo de la España barroca; también porque doña Francisca Larrea, mujer de Böhl, no se llevaba bien con la esposa francesa de Mora. Es más, años más tarde, incluso, Mora militará dentro de la estética romántica y traducirá la novela histórica de Walter Scott Ivanhoe (1825). A comienzos de 1815 marcha a Madrid con la intención de trabajar como abogado, pero allí se entrega por completo a la literatura, prosiguiendo la polémica con Böhl. Tradujo varias obras del francés y del inglés y se distingue como periodista en la Crónica Literaria y Científica que fundó en 1817 y duró hasta 1820, en su continuación El Constitucional, en La Minerva Nacional y en otras publicaciones, tanto en prosa como en verso, en cuestiones literarias y en políticas. Durante el Trienio Liberal (1820-1823) no cesa esta ingente actividad: colaboró, redactó y dirigió numerosos periódicos liberales madrileños, hasta el punto de ganarse el sobrenombre de Luca fa presto por la rapidez con que escribía artículos de todo género.
Advenida la invasión de los Cien mil hijos de San Luis emigró a Londres con los demás liberales al barrio de Somerstown (1824-1826). Con ayuda del editor Ackermann fundó No me olvides, una especie de almanaques en prosa y verso de los que se publicaron seis volúmenes entre 1824 y 1829, los cuatro primeros con traducciones y poemas de Mora, y los dos últimos confeccionados por Pablo Mendíbil, y fue el director y redactor único de Museo Universal de Ciencias y Artes (1824-1826) y del Correo Literario y Político de Londres, obras todas estas dirigidas sobre todo a los hispanoamericanos. Siguió colaborando con Ackermann en escribir y divulgar por la Hispanoamérica recién emancipada los famosos Catecismos, manuales sobre diversas materias y disciplinas científicas, que sirvieron así de libros de texto en unos países que carecían de este tipo de obras. En Londres hizo amistad con los hispanoamericanos Bernardino Rivadavia, el poeta, filólogo y gramático Andrés Bello y el poeta José Joaquín Olmedo. En contacto con la estética romántica, Mora modifica su inicial rechazo por esta estética y establece la ecuación Liberalismo=Romanticismo, proclamada luego por Víctor Hugo. Los grabados de William Blake motivan sus Meditaciones poéticas, publicadas en Londres en 1826 y donde muestra en forma muy definida un espíritu evangélico que hace pensar en su conversión al protestantismo.
Requerido por Rivadavia, marchó a Buenos Aires a fines de 1826 y llegó en 1827. En ese año dirigió la Crónica Política y Literaria y El Conciliador, al servicio de su amigo el presidente Rivadavia. Estuvo en Chile entre 1828 y 1831. Allí organizó el Liceo de Chile, fundó El Mercurio Chileno (1828-1829), revista de difusión científica y cultural con la colaboración del medico español José Passamán, además del botánico italiano Carlos Bertero, El Constituyente y redactó la Constitución de 1828 de dicho país. Allí estrenó sus comedias El marido ambicioso y El embrollón.
Producto de unos versos críticos llamados El Uno y el Otro que según los dichos populares ocasionaron la muerte del Presidente, en febrero el gobierno conservador de José Tomás Ovalle lo envió exiliado al Perú (1831-1834), donde creó el Ateneo, hizo amistad con el satírico Felipe Pardo y Aliaga y se dedicó a la enseñanza privada. Publicó una obra miscelánea a semejanza de sus No me olvides londinenses, Aguinaldo. En Bolivia (1834-1837) escribió a favor del presidente Santa Cruz, que le llamó para que fuera catedrático de Literatura en 1834 de la Universidad de La Paz. En Bolivia compuso la mayor parte de sus Leyendas españolas. Fue agente de Santa Cruz en Londres (1837-1843) y en Madrid (1843-1847) como cónsul de la Confederación Perú-Boliviana.
En 1843 dirigió un colegio en Cádiz, pero pronto marchó a Madrid para difundir la filosofía y la doctrina económica de MacCulloc. Fue nombrado académico de la Real Academia Española en 1848 y cónsul de España en Londres desde 1856. Esta actuación oficial, como asimismo el peligro personal al confesarse abiertamente como protestante, posiblemente explican por qué José Joaquín de Mora prefirió no usar su nombre completo en sus himnos para las Iglesias evangélicas, firmándolas únicamente como "Mora"; en Londres colaboró con Thomas Parker en la redacción de la revista protestante El Alba, que era introducida clandestinamente en España. Como resultado de este secretismo su nombre está asociado al de un liberal religioso y político, pero no evangélico ni protestante. Sin embargo la Sociedad Religiosa de Tratados (Edimburgo, Escocia), escribe sobre él: "Distinguido expatriado protestante español residente en Londres. Célebre poeta cuya poesía hímnica se basa en los modelos de W. Cowper, A. Watts, J. Newton, J. Addison, J. Montgomery y otros". Murió en Madrid el 3 de octubre de 1864.